地方水利建设基金的申报办法：1、首先登录到当地的电子税务局网站，以山东省为例，如图。
2、可以税号和密码的方式登录，也可以在电脑上插入金税盘以证书方式登录。进入登录页面后税务系统会在申报期内显示你需要申报的纳税信息（一般申报期限为每月1号—15号）如图。
3、一般要先完成增值税申报，增值税申报完成后在申报城建税和教育附加这个报表，地方水利基金就包含在这个报表当中。如图
4、根据地方不同地方水利基金的收费标准也不同，一般情况下是以当月要缴纳的增值税金额的0.5%征收。正常情况下在报表中填写完当月的增值税金额系统会自动核算要缴纳的地方水利基金的。然后保存申报就完成了。
当期免抵的增值税是否缴纳地方教育费附加以及地方水利建设基金？
免抵部分要缴纳城建税和教育费附加的，水利基金是按销售额计算的。
例如：1、某月销项税额1000元、进项税额（包括期初进项税额）1200元，不予免抵税额100，免抵退税额300元，则免抵税额为100元 。应纳税额=1000-（1200-100）=-100，当期免抵税额=300-100=200.
2、某月销项税额1000元、进项税额（包括期初进项税额）1500元，不予免抵税额100，免抵退税额300元，则免抵税额为0元 。应纳税额=1000-（1500-100）=-400，当期免抵税额=300-300=0.
3、某月销项税额1000元、进项税额（包括期初进项税额）600元，不予免抵税额100，免抵退税额300元，则免抵税额为300元 。应纳税额=1000-（600-100）=500，当期免抵税额=300-300=0.
